黃腐酸可以在土壤中形成膠狀物質，將土壤顆粒膠結起來，從而增加土壤中的水穩性團粒，促進團粒結構形成，同時還可以疏松土壤，提高土壤的保水保肥能力。黃腐酸是一種弱酸，與鉀、鈉、銨等一價陽離子可以形成溶于水的弱酸鹽類，組成緩沖溶液，從而當外界酸性或堿性物質進入土壤之中時，能夠在一定程度上維持土壤原ph，保持大致不變，為作物提供一個穩定的生長環境。黃腐酸是氮肥的緩釋劑和穩定劑，磷肥的增效劑，鉀肥的保護劑（對于氮元素，黃腐酸可以減少氮素揮發，促進氮的吸收，同時加快有機氮礦化速度，提高土壤氮含量。對于磷元素，黃腐酸可以降低土壤對于磷的固定作用，讓土壤中的難溶性磷轉化為有效磷，同時增加磷元素在土壤中的移動距離。對于鉀元素，黃腐酸可以減少土壤對于鉀的吸收固定，同時促進難溶性鉀的釋放，增加鉀含量）。使用之后，可以增加土壤養分含量，減少土壤養分流失，促進作物吸收養分，提高肥效，同時還能增強作物的抗寒、抗旱、抗鹽堿能力。

黃腐酸肥含有多種官能團，可以刺激作物的生長發育以及生理代謝。主要表現為：促進種子萌發，刺激根部生長發育，促進根部呼吸，增強根系活力，從而增強作物對于養分的吸收能力，同時還可以促進葉綠素形成以及植物中糖和氨基酸的形成，從而增強作物的光合作用和呼吸作用強度。

黃腐酸肥可以和汞、砷、鎘、鉻、鉛等重金屬形成難溶性物質，從而降低重金屬對于作物的危害。